OpenPBS安装与使用

OpenPBS安装
1、  必须用root登录
2、  创建安装路径，一般是：/usr/local/OpenPBS
3、  cp OpenPBS安装包到安装路径并释放
4、  进入释放的目录，例如：$>OpenPBS_2_3_16\
5、  运行OpenPBS配置脚本：
$>./configure –prefix=/usr/local/OpenPBS
./configure可以配置OpenPBS的环境，-prefix是一些安装目录的前缀，例如lib等，默认是/usr/local。可以./configure –help查看所有的参数。一般默认的就可以。
6、  编译OpenPBS：在释放的目录下make.
在make的过程中可能出现如下错误：
make[4]: *** No rule to make target `', needed by `attr_atomic.o'.  Stop.
make[4]: Leaving directory `/g/pbs/OpenPBS_2_3_16/src/lib/Libattr'
make[3]: *** [all] Error 2
make[3]: Leaving directory `/g/pbs/OpenPBS_2_3_16/src/lib/Libattr'
make[2]: *** [all] Error 2
make[2]: Leaving directory `/g/pbs/OpenPBS_2_3_16/src/lib'
make[1]: *** [all] Error 2
make[1]: Leaving directory `/g/pbs/OpenPBS_2_3_16/src'
make: *** [all] Error 2
这需要一个补丁来解决,参见附录
7、  安装OpenPBS：编译成功后，make install
8、  创建节点(node)文件
/usr/spool/PBS/server_priv/nodes
文件内容是节点的机器名。例如
node1
node2
……
当然可以有更具体的设置. 包括机群系统中所有结点的描述，如主机名，属性和cpu的数目。结点文件的格式为：hostname [:ts] [property…] [np＝NUMBER] 。
9、  建立MOM进程配置文件
在{PBS_HOME}/mom_priv目录下建立资源管理器守护进程的配置文件config。所谓{PBS_HOME}可以在安装的第一步./configure的时候指定，相关参数：
--set-server-home={YOUR_PBS_HOME}，一般不用指定，用默认值就好了。默认值为/usr/spool/PBS
config文件的内容通常包括：
  $logevent0x1ff
  $clienthost server_host
其中$logevent是为了设置记录作业执行事件日志的掩码，当其值设为0x1ff时，表示记录作业运行事件的所有日志信息；server_host是PBS服务器所在的主机名。

OpenPBS启动
1.         启动MOM进程
$> /usr/local/OpenPBS/sbin/pbs_mom
 
2.      启动OpenPBS服务器
$>/usr/local/OpenPBS/sbin/pbs_server –t create
(第一次启动用户服务器时，需要“–t create”选项，以后启动不需要)
 
3.        启动调度器
$>/usr/local/OpenPBS/sbin/pbs_sched
 
(建议在$HOME/.bash_profile中加入
OPENPBSDIR=/usr/local/OpenPBS
PATH=$PATH:$OPENPBSDIR/bin: $OPENPBSDIR/sbin
 
export OPENPBSDIR PATH
 

创建队列
用qmgr创建队列，例如：
#创建队列，并命名为normal
qmgr -c "c q normal"
#设定队列的类型为Execution
qmgr -c "s q normal queue_type=Execution"
#设定该队列中任务最大运行时间为24小时(CPU时间)
qmgr -c "s q normal resources_max.cput=24:00:00"
#设定该队列中任务最小运行时间为1秒(CPU时间)
qmgr -c "s q normal resources_min.cput=1"
#设定该队列中任务默认运行时间为12分钟(CPU时间)
qmgr -c "s q normal resources_default.cput=12:00"
#enable queue
qmgr -c "s q normal enabled=true"
#start queue
qmgr -c "s q normal started=true"
#将normal队列设定为默认队列
qmgr -c "s s default_queue=normal"
 
qmgr的参数中-c代表命令行，引号(“”)中的内容是要执行的命令。
其中c是create, s是set, q是queue,所以，上述命令可以写作：
qmgr –c “set queue normal enabled=true”
……
提交任务可以用qsub,只有非root用户才可以提交任务。
 

OpenPBS Interface Library
       OpenPBS Interface Library(IFL)是OpenPBS提供的一组函数，完成OpenPBS的任务。
例如：pbs_connect,是连接服务器的函数。
       编写程序调用这些函数需要以下两个头文件：
       #include  
#include
和一个静态链接库：libpbs.a(可以在/usr/local/lib/中找到这个库)
因为该库用C编写需要，如果用C++编写程序调用这些函数，则需要：
extern “C”
下面是一个示例程序(subjob.cc)，作用就是提交任务，如果成功返回该任务提交后在服务器上的任务标示，如果失败则返回错误代码：
extern "C"//C 函数
{
#include
#include
}
#include
 
int main(int argc,char** argv)
{
        int Con=pbs_connect("server”); //连结服务器”server”
        printf("Con=%d\n",Con);
        char *Ret=pbs_submit(Con,0,argv[1],0,0);//提交任务
        if (!Ret)
        {
printf("ERR=%d\n",pbs_errno);//发生错误，打印错误代码
        }
        else
        {
                printf("Ret=%s\n",Ret);//打印返回的任务标识
        }
        delete Ret;
        return 1;
}
编译该程序：
$>g++ -o subjob subjob.cc –lpbs

附录

安装OpenPBS过程中make出错
如果遇到前文提到的错误，那么通过打补丁可以解决该问题。
该补丁可以通过以下方法得到：
1.       下载：http://www.webmo.net/support/patch/pbs.patch
2.       将下面内容（=包括中的内容，不包含=）存入pbs.patch（当然，任意文件名）
======================================================================
--- /buildutils/makedepend-sh.000  Wed Nov 17 11:32:52 1999
+++ /buildutils/makedepend-sh    Thu Jul 10 13:35:43 2003
@@ -574,6 +574,12 @@
                 test "$verbose" -lt 2 && errout='2> /dev/null'
    
                 eval $CPP $arg_cc $d/$s $errout | \
+                  sed \
+                       -e '1d' \
+                       -e '/^#.*/d' \
+                       -e '/^#.*/d' \
+                       -e '/^#.*/d' \
+                       -e '/^#.*/d' | \
                   sed -n -e "s;^\# [0-9][0-9 ]*\"\(.*\)\";$f: \1;p" | \
                   grep -v "$s\$" | \
                   sed -e 's;\([^ :]*: [^ ]*\).*;\1;' \
--- /src/lib/Liblog/pbs_log.c.000  Tue Dec  4 18:38:40 2001
+++ /src/lib/Liblog/pbs_log.c    Thu Jul 10 13:39:45 2003
@@ -109,6 +109,7 @@
 
 /* Global Data */
 
+#include
 extern int errno;
 char log_buffer[LOG_BUF_SIZE];
 char log_directory[_POSIX_PATH_MAX/2];
--- /src/server/svr_connect.c.000  Tue Dec  4 18:39:23 2001
+++ /src/server/svr_connect.c    Thu Jul 10 13:43:11 2003
@@ -113,6 +113,7 @@
 
 struct connect_handle connection[PBS_NET_MAX_CONNECTIONS]; /* used by API */
 
+#include
 extern int     errno;
 
 extern int     pbs_errno;
将该文件cp到OpenPBS安装包的释放目录，打补丁：
$>patch -pl -b < pbs.patch
然后就可以正常安装了

使用IFL发生编译错误
Q:提示找不到库libpbs.a。
A:确定正确安装OpenPBS,lib搜索路径中包含libpbs.a.确定编译选项是-lpbs
 
Q:提示找不到函数，例如
undefined reference to `pbs_connect(char*)'
A:在程序中这样包含头文件：
extern "C"               
{
#include      
#include    
}
……
 
Q:已经像上面那样包含头文件，仍然找不到函数，不过这次看起来有点不一样，例如：
       undefined reference to `pbs_connect'
A:编译的时候，要将libpbs.a的引用放在源文件后面，例如：
$>g++ -o subjob subjob.cc –lpbs